对确认调解协议案件的结案，2011年3月30日施行的《最高人民法院关于调解协议司法确认程序的若干规定》(以下简称若干规定)第11条，人民法院经审查认为调解协议符合确认条件的，应当作出确认决定书，决定不予确认调解协议效力的，应为作出不予确认决定书。第九条，人民法院作出确认决定后，一方当事人拒绝履行或者未全部履行的，对方当事人可以向作出确认决定的人民法院申请强制执行。

　　2013年1月1日起施行的《中华人民共和国民事诉讼法》(以下简称《民诉法》)第一百九十四条，申请司法确认调解协议，由双方当事人依照人民调解法等法律，自调解协议生效之日起三十日内，共同向调解组织所在地基层人民法院提出。第一百九十五条，人民法院受理申请后，经审查，符合法律规定的，裁定调解协议有效，一方当事人拒绝履行或者未全部履行的，对方当事人可以向人民法院申请执行，不符合法律规定的，裁定驳回申请，当事人可以通过调解方式变更原调解协议或者达成新的调解协议，也可以向人民法院提诉讼。《若干规定》与《民诉法》规定的确认调解协议案件的结案方式不同，一个是用法院决定书的方式结案，一个是用民事裁定书的方式结案，导致2013年1月1日后，对同类案件的结案方式出现了二种不同的形式，有的用决定书，有的用民事裁定书，但依照法律规定和精神，对同类案件的结案只能一种结案方式。

　　鉴于司法实践中的运行现状，对此种情况的结案方式进行选定并规范具有法律和法理依据，也具有重要的现实意义，笔者认为，对此类案件新修改的《民诉法》施行后，应当用裁定书的方式结案。理由如下：

　　《若干规定》是最高人民法院的司法解释，并不是法律，《民诉法》是法律，司法解释是解决我国法律、法规没有明确规定，而在司法实践中又急需解决的有关法律适用的问题，而法律有明确的，依法律规定，故2013年1月1日后，《民诉法》对此类案件已经有明确规定时，应依《民诉法》的规定，用裁定结案。

　　《若干规定》在新修改的《民诉法》施行前，并不与现行法律、法规相抵触，但《民诉法》施行后，就与《民诉法》不一致，虽没有最高人民法院通知，该《若干规定》部分废止，但依据新法优于旧法的规定，故《若干规定》与《民诉法》相抵触的部分，在《民诉法》施行后就立即废止。

　　确认调解协议案件是双方当事人依照法律，向法院提出，但法院受理申请后，对调解协议的审查也属司法行为中的诉讼程序，对于诉讼案件的实体结案方式，依照法律与司法实践，只有判决、裁定、调解，故这类案件也只能用裁定的方式结案。

　　《民诉法》第二百三十六条对法院生效文书的执行，只规定了判决、裁定、调解书，故依《民诉法》有关执行的规定，也只能用裁定的方式结案。

　　综上所述，新修改的《民诉法》于2013年1月1日施行后，调解协议案件，只能用裁定的方式结案。